si la SRL se cerró en 2000 y en 2012 te llegaron multas, evidentemente el Contador que manejaba la empresa no dio las bajas correspondientes.
Si la SRL la tenés dada de baja en el Registro de Comercio (IGJ, si es CABA), la empresa está dada de baja formalmente y tenés prueba suficiente para demostrar.
Si lo único que hicieron es dejar de facturar y dar de baja (evidentemente no todos) los impuestos, ahí tendrás que ver qué hacer con la documentación que tenés para poder defenderte.
Saludos.